Nachdem das Volksbegehren „Rettet die Bienen“ mit gut einer Millionen Eintragungen vorzeitig auch die zweite Hürde übersprungen hat, lädt die bayerische Staatsregierung für den 20.02. 2019 zu einem rundem Tisch für mehr Artenvielfalt ein, so Ministerpräsident Söder auf Twitter: „Wir wollen parteiübergreifend Lösungen suchen und offen diskutieren. Unser Ziel ist ein gesellschaftlicher Konsens. Wir wollen Natur nicht gegen die Bauern schützen, sondern mit ihnen. Wir wollen versöhnen, statt zu spalten.“ Kommt es nicht zu einem Ergebnis, muss der Landtag über das Begehren abstimmen. Lehnt dieser das Begehren ab, muss ein Volksentscheid durchgeführt werden. Für diesen Fall will die Staatsregierung einen eigenen Gesetzentwurf alternativ zur Abstimmung stellen.
Mit den Stimmen von CSU und Freien Wählern ist Markus Söder (CSU) im ersten Wahlgang zum bayerischen Ministerpräsidenten gewählt worden. Er erhielt 110 Stimmen und damit eine weniger als Abgeordnete der neuen Koalition anwesend waren. Bei der bayerischen Landtagswahl hatte die bis dahin allein regierende CSU erhebliche Verluste einstecken müssen und war zur Regierungsbildung auf einen Koalitionspartner angewiesen. Dieser stand mit den Freien Wählern zur Verfügung, die damit erstmals in einer Landesregierung vertreten sind. Im Koalitionsvertrag konnten die 
Nach Informationen des Nachrichtenmagazins Spiegel gibt CSU-Chef Horst Seehofer seinen parteiinternen Rivalen Markus Söder die Schuld am schlechten Abschneiden der CSU bei der bayerischen Landtagswahl. Vor der CSU-Landesgruppe im Bundestag habe Seehofer erklärt, dass er zu einer Analyse des Landtagswahlergebnisses bereit sei. Es brauche aber eine Analyse „in vollem Umfang. Dann müssen wir über alles reden“. Im kleinen Kreis machte Seehofer klar, was er damit meint: Nach dem Sturz Stoibers habe die CSU 17 Prozent verloren, nach seinem Sturz durch Söder seien es jetzt 10%. „Revolutionen kosten Stimmen“, soll Seehofer nach Angaben von Gesprächspartnern dort gesagt haben, so der Spiegel.
In der CSU ist eine Diskussion über die Schuldigen für die in Umfragen vorausgesagten dramatischen Stimmverlusten bei der Landtagswahl entbrannt. Ministerpräsident Söder gibt vor allem der Berliner Politik – und damit Seehofer – die Schuld an den schlechten Umfragewerten der CSU. Es soll zudem im CSU-Vorstand Bestrebungen geben, den Vorsitzenden Seehofer von den Koalitionsverhandlungen nach der Wahl auszuschließen – ein beispielloser Vorgang. Gegen die Rolle des Sündenbockes wehrt sich Seehofer nach Kräften. Er habe sich „in den letzten sechs Monaten weder in die bayerische Politik noch in die Wahlkampfführung eingemischt“. Dies sei das persönliche Vorrecht des Ministerpräsidenten Markus Söder, der für strategische Überlegungen im Wahlkampf zuständig sei. Auch der Vorwurf, die von ihm geführte Migrationsdebatte und der Streit mit Bundeskanzlerin Merkel (CDU) habe Wähler vergrault, weist Seehofer zurück. „In der Migrationsdebatte und bei der Frage der Zurückweisung von Flüchtlingen an der Grenze haben wir bis August alles gemeinsam gemacht“, so Seehofer gegenüber der Süddeutsche Zeitung. „Die Parteiführung, die Landesgruppe, die Landtagsfraktion, alle waren eingebunden. Das geschah nicht gegen, sondern auf Bitten aus Bayern.“ Tatsächlich dürfte der jahrelange Machtkampf zwischen Seehofer und Söder gerade bei bürgerlichen Wählern seine Spuren hinterlassen haben. Immer unverhohlener und dreister forderten Söder und seine Anhänger den Verzicht Seehofers auf seine Ämter. Dieser reagierte auf den immer größer werdenden politischen Druck mit immer neuen Rücktrittsankündigungen. So erklärte Seehofer auf Druck Söders bereits 2015, er wolle zur Landtagswahl in Bayern 2018 nicht mehr als Ministerpräsident kandidieren. Im Oktober 2016 gab er dann bekannt, eines seiner beiden Ämter bereits 2017 abgeben zu wollen. Nach der Bundestagswahl 2017, die für die CSU mit einem für sie desaströsen Ergebnis von lediglich 38,8% endete, erhöhte Söder noch einmal den Druck auf Seehofer. Daraufhin erklärte Seehofer am 4. Dezember 2017, das Amt des Ministerpräsidenten zu Beginn des Folgejahres niederlegen zu wollen. Unmittelbar danach nominierte die CSU-Landtagsfraktion Söder als seinen Nachfolger. Seehofer hatte die CSU 2013 mit 47,7% zur absoluten Mehrheit der Mandate geführt. Im Dezember 2017 lag die CSU in Umfragen bei 40%. Unter Söder liegt sie derzeit in 
Der Weg der CSU zu einer Regionalpartei ist nicht mehr aufzuhalten. Dies gilt unabhängig vom Ausgang des derzeit tobenden Machtkampfes in der Partei zwischen Seehofer und Söder. Setzt sich Seehofer durch, dann wird Söder auch weiterhin versuchen, ihn zu stürzen. Wird Söder mit der Unterstützung der Landtagsfraktion Spitzenkandidat für die Landtagswahl, bleibt Seehofer, der in der Partei nach wie vor viel Rückhalt hat, Parteivorsitzender. Mit einer Doppelspitze, die in herzlicher Abneigung miteinander verbunden ist, hat die CSU keine guten Erfahrungen gemacht. Es war Seehofer, der als Ministerpräsident und Parteivorsitzender die CSU wieder zur absoluten Mehrheit führte, die Beckstein und Huber als Doppelspitze verspielt hatten. Diese beiden hatten 2007 ein Jahr vor der Landtagswahl Stoiber beerbt, der von der CSU-Landtagsfraktion gestürzt worden war. Die beiden erreichten mit 43,4% das bis dahin schlechteste Ergebnis der CSU. Derzeit steht die 