In der CSU ist eine Diskussion über die Schuldigen für die in Umfragen vorausgesagten dramatischen Stimmverlusten bei der Landtagswahl entbrannt. Ministerpräsident Söder gibt vor allem der Berliner Politik – und damit Seehofer – die Schuld an den schlechten Umfragewerten der CSU. Es soll zudem im CSU-Vorstand Bestrebungen geben, den Vorsitzenden Seehofer von den Koalitionsverhandlungen nach der Wahl auszuschließen – ein beispielloser Vorgang. Gegen die Rolle des Sündenbockes wehrt sich Seehofer nach Kräften. Er habe sich „in den letzten sechs Monaten weder in die bayerische Politik noch in die Wahlkampfführung eingemischt“. Dies sei das persönliche Vorrecht des Ministerpräsidenten Markus Söder, der für strategische Überlegungen im Wahlkampf zuständig sei. Auch der Vorwurf, die von ihm geführte Migrationsdebatte und der Streit mit Bundeskanzlerin Merkel (CDU) habe Wähler vergrault, weist Seehofer zurück. „In der Migrationsdebatte und bei der Frage der Zurückweisung von Flüchtlingen an der Grenze haben wir bis August alles gemeinsam gemacht“, so Seehofer gegenüber der Süddeutsche Zeitung. „Die Parteiführung, die Landesgruppe, die Landtagsfraktion, alle waren eingebunden. Das geschah nicht gegen, sondern auf Bitten aus Bayern.“ Tatsächlich dürfte der jahrelange Machtkampf zwischen Seehofer und Söder gerade bei bürgerlichen Wählern seine Spuren hinterlassen haben. Immer unverhohlener und dreister forderten Söder und seine Anhänger den Verzicht Seehofers auf seine Ämter. Dieser reagierte auf den immer größer werdenden politischen Druck mit immer neuen Rücktrittsankündigungen. So erklärte Seehofer auf Druck Söders bereits 2015, er wolle zur Landtagswahl in Bayern 2018 nicht mehr als Ministerpräsident kandidieren. Im Oktober 2016 gab er dann bekannt, eines seiner beiden Ämter bereits 2017 abgeben zu wollen. Nach der Bundestagswahl 2017, die für die CSU mit einem für sie desaströsen Ergebnis von lediglich 38,8% endete, erhöhte Söder noch einmal den Druck auf Seehofer. Daraufhin erklärte Seehofer am 4. Dezember 2017, das Amt des Ministerpräsidenten zu Beginn des Folgejahres niederlegen zu wollen. Unmittelbar danach nominierte die CSU-Landtagsfraktion Söder als seinen Nachfolger. Seehofer hatte die CSU 2013 mit 47,7% zur absoluten Mehrheit der Mandate geführt. Im Dezember 2017 lag die CSU in Umfragen bei 40%. Unter Söder liegt sie derzeit in Umfragen bei 33%.
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