Die Führungsspitze der CSU hat sich darauf verständigt, dass Markus Söder als Nachfolger von Horst Seehofer Ministerpräsident werden soll. Der Wechsel soll im Frühjahr 2018 vollzogen werden. Seehofer wird Parteichef bleiben. Zuvor hatte Innenminister Joachim Herrmann auf eine Kandidatur gegen Söder verzichtet. Damit hat sich Söder in dem seit Monaten andauernden Machtkampf durchgesetzt. Söder wird als Ministerpräsident und Spitzenkandidat der CSU in die im Herbst anstehende Landtagswahl ziehen. Seehofer soll in Berlin ein Ministeramt übernehmen. Die CSU war bei der Bundestagswahl unter 40% gesunken. Derzeit hat sie bei Umfragen noch eine Zustimmung von 37%.
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Der Weg der CSU zu einer Regionalpartei ist nicht mehr aufzuhalten. Dies gilt unabhängig vom Ausgang des derzeit tobenden Machtkampfes in der Partei zwischen Seehofer und Söder. Setzt sich Seehofer durch, dann wird Söder auch weiterhin versuchen, ihn zu stürzen. Wird Söder mit der Unterstützung der Landtagsfraktion Spitzenkandidat für die Landtagswahl, bleibt Seehofer, der in der Partei nach wie vor viel Rückhalt hat, Parteivorsitzender. Mit einer Doppelspitze, die in herzlicher Abneigung miteinander verbunden ist, hat die CSU keine guten Erfahrungen gemacht. Es war Seehofer, der als Ministerpräsident und Parteivorsitzender die CSU wieder zur absoluten Mehrheit führte, die Beckstein und Huber als Doppelspitze verspielt hatten. Diese beiden hatten 2007 ein Jahr vor der Landtagswahl Stoiber beerbt, der von der CSU-Landtagsfraktion gestürzt worden war. Die beiden erreichten mit 43,4% das bis dahin schlechteste Ergebnis der CSU. Derzeit steht die 
Verbunden mit scharfer Kritik am Wahlkampf hat Peter Gauweiler in einem Interview mit der Süddeutschen Zeitung den Rücktritt von CSU-Chef Horst Seehofer gefordert. Als Nachfolger schlägt er den bayerischen Finanzminister Markus Söder vor. Seehofer warf er mangelnde Glaubwürdigkeit vor. „Man kann nicht zugleich Hü und Hott sagen. Ein CSU-Vorsitzender kann nicht die Merkel’sche Politik verurteilen, wenn seine eigene CSU-Landesgruppe im Bundestag diese Politik faktisch in allem mitträgt. Wir hatten keine Deckungsgleichheit zwischen der programmatischen Aussage und dem, was die CSU im Bundestag getan hat“, so Gauweiler. Der Rücktritt müsse noch vor den Koalitionsverhandlungen erfolgen. „Bevor man wieder mit Ernsthaftigkeit auftreten kann, müssen die CSU-Äußerungen befreit sein von der Führungsfrage. Sonst wird alles, was Seehofer bei den Verhandlungen fordert, aus dem Blickwinkel gesehen, dass da einer seinen geborenen Nachfolger verhindern möchte. Die Verhandlungen dürfen doch nicht mit diesem Odium belastet sein. Es gibt von Rilke das schöne Gedicht über den Herbst: Herr, es ist Zeit, der Sommer war sehr groß. Das gilt jetzt für die CSU: Horst, es ist Zeit.“